Το Μουσείο Δημοκρατίας είναι το πρώτο δημόσιο ελληνικό μουσείο για μια κρίσιμη, από πολιτική και κοινωνική άποψη, περίοδο της νεώτερης ιστορίας μας. Ως έδρα του επιλέχθηκε το νησί του 'Αη-Στράτη, καθώς για ένα μεγάλο διάστημα - από τις αρχές της δεκαετίας του 1930 έως και το 1943 και από το 1948 έως το 1963 - ήταν τόπος υποδοχής πολιτικών εξορίστων.

Το κτήριο στο οποίο στεγάζεται το Μουσείο, είχε χτιστεί αρχικά ως διδακτήριο - ήταν το πρώτο του νησιού. Στα χρόνια του εκτοπισμού πολιτικών εξορίστων στον 'Αη-Στράτη χρησιμοποιήθηκε ως αναρρωτήριο. Ο σεισμός του 1968 προκάλεσε σοβαρότατες ζημιές στο κτήριο με αποτέλεσμα την εγκατάλειψή του. Το 2005 άρχισαν οι εργασίες για την αναστήλωσή του από την Υπηρεσία Νεωτέρων Μνημείων και Τεχνικών ΄Εργων Β. Αιγαίου του Υπουργείου Πολιτισμού, οι οποίες ολοκληρώθηκαν τον Νοέμβριο του 2007.

Τη συγκέντρωση των εκθεμάτων και την οργάνωση του Μουσείου ανέλαβε η Διεύθυνση Νεώτερης Πολιτιστικής Κληρονομιάς του Υπουργείου Πολιτισμού.